En la actualidad existen dos entes de justicia que conocen la situación jurídica de los participantes del conflicto armado en Colombia:
Por un lado está Justicia y Paz, mecanismo creado en el 2006, resultado del proceso de negociación con las Autodefensas Unidas de Colombia. Este judicializa a los líderes de los grupos paramilitares y prioriza la condena y encarcelamiento de estas personas, aunque en ocasiones permite la realización de acuerdos para la reducción de las penas.
Por otro lado, existe la Jurisdicción Especial para la Paz, mecanismo creado en el 2016 resultado del Acuerdo de Paz celebrado con las FARC-EP. Esta judicializa a ex-guerilleros de las FARC, paramilitares y terceros voluntarios (por ejemplo, militares o narcotraficantes) que participaron del conflicto. Este mecanismo prioriza la restauración y los procesos de verdad; las condenas son menos severas y se cumplen a través de proyectos restaurativos en zonas rurales, indígenas, etc.
En la actualidad, los mecanismos no pueden colaborar ni compartir información entre ellos.
Recientemente, ha surgido la propuesta de crear un Tribunal de Cierre que pueda conocer la situación jurídica de todos los participantes del conflicto de manera centralizada (guerrilleros, militares, políticos, terceros civiles y narcotraficantes). La creación de este tribunal implicaría la sustitución de Justicia y Paz y la JEP.